Η πρώτη σύζυγος του Cornell, λεγόταν Suzan Silver και ήταν manager των Alice in Chains και των Soundgarden. Τον Ιούνιο του 2000 απέκτησαν μια κόρη, τη Lillian-Jean. Ωστόσο, το ζευγάρι δεν τα πήγαινε καλά και κατέληξε στο χωρισμό το 2004. Ακολούθησε μεγάλη πολύχρονη δικαστική διαμάχη μεταξύ τους και το Δεκέμβριο του 2008, ο Cornell κέρδισε πίσω τη συλλογή των 15 κιθάρων του...
Ενώ χώριζε με τη Silver, ο Cornell αποκτούσε μια δεύτερη κόρη με τη Βίκυ Καραγιάννης. μια ελληνικής καταγωγής, αμερικανίδα αρθρογράφο. Με τη Βίκυ, εκτός από την Toni, απέκτησαν και δεύτερο παιδί το Δεκέμβριο του 2005. Πρόκειται για ένα γιο στον Christopher Nicholas. Κάτω από την επιρροή της ο Cornell ασπάστηκε την Ορθοδοξία! Επίσης, ξεπέρασε όλους του εθισμούς του...
Έτσι, μπορούμε να έχουμε ελπίδες ότι τραγούδια σαν το Black Hole Sun, που ακούμε σήμερα, μπορούν να γραφτούν ξανά...